Lahir di lereng Gunung Sindoro
pada tanggal 7 Maret 1750 dari permaisuri kedua Sri Sultan Hamengku
Buwono I, ia diberi nama kecil Raden Mas (RM) Sundoro. Masa kecilnya dilalui bersama ibunda, Gusti Kanjeng Ratu
(GKR) Kadipaten, di wilayah pengungsian akibat perang melawan VOC.
Situasi tersebut kelak membentuk karakter yang keras pada diri Sri
Sultan Hamengku Buwono II.
Ketika tiba masa perjanjian Giyanti, dan berlanjut ke perpindahan
keluarga besar Sri Sultan Hamengku Buwono I ke Keraton Yogyakarta, RM.
Sundoro mulai tinggal di dalam keraton dengan status putera raja.
Semenjak itu pula kecintaan dan kepercayaan Sri Sultan Hamengku Buwono I
kepada RM. Sundoro meningkat. Pada tahun 1758, ketika RM. Sundoro
dikhitan, beliau diangkat menjadi putra mahkota.